Năm 893, do muốn kiềm chế quân phiệt Lý Mậu Trinh, Đường Chiêu Tông bổ nhiệm Từ Ngạn Nhược giữ chức Phượng Tường[chú 2] tiết độ sứ. Vào mùa thu năm 893, Đường Chiêu Tông khiển Đàm vương Lý Tự Chu (李嗣周) suất ba vạn cấm quân hộ tống Từ Ngạn Nhược đến nhậm chức. Tuy nhiên, Lý Mậu Trinh và đồng minh là Tĩnh Nan[chú 3] tiết độ sứ Vương Hành Du huy động binh lính sẵn sàng chiến đấu với cấm binh. Các binh lính cấm binh hộ tống đều mới nhập ngũ, vì thế trông thấy quân đối phương thì hoảng sợ và bỏ chạy, Lý Mậu Trinh và Vương Hành Du tiến về Trường An. Đường Chiêu Tông buộc phải thu hồi lại chiếu chỉ bổ nhiệm Từ Ngạn Nhược, cho phép Lý Mậu Trinh làm tiết độ sứ của cả Phượng Tường và Sơn Nam Tây đạo[chú 4]. Sau khi nhập triều, Từ Ngạn Nhược giữ chức Ngự sử đại phu.[5]

Sau khi Đồng bình chương sự Trịnh Khể thối hưu vào năm 894, Từ Ngạn Nhược kế nhiệm; ngoài ra còn được giữ chức Trung thư thị lang, Lại bộ thượng thư.[5] Khi Lý Mậu Trinh cùng Vương Hành Du và Trấn Quốc[chú 5] tiết độ sứ Hàn Kiến lại tiến công Trường An vào năm 895, giết chết Vi Chiêu Độ và Lý Hề, Đường Chiêu Tông chạy trốn đến Tần Lĩnh. Từ Ngạn Nhược cùng với Vương Đoàn và Thôi Chiêu Vĩ tháp tùng Hoàng đế; họ trở về Trường An sau khi Lý Khắc Dụng đánh bại liên quân.[6] Sau khi trở về Trường An, Đường Chiêu Tông ban cho Từ Ngạn Nhược chức vụ Khai phủ nghi đồng tam ty, giữ chức Tư không, tiến phong Tề quốc công, ban danh Phù nguy khuông quốc trí lý công thần.[3]

Năm 896, Lý Mậu Trinh lại tiến công Trường An, Đường Chiêu Tông và triều đình lại chạy khỏi Trường An, đến Hoa châu theo lời mời của Hàn Kiến. Khi ở Hoa châu, Đường Hy Tông bổ nhiệm Từ Ngạn Nhược là "Đại Minh cung lưu thủ", kiêm Kinh Kỳ an phủ chế trí đẳng xứ.[6] Sau khi Đường Hy Tông trở về Trường An vào năm 898,[7] Từ Ngạn Nhược được trao chức Thái bảo, Môn hạ thị lang.[3]